Благотворительный фонд «Лизонька» имеет следующую структуру управления:
- Высшим руководящим органом Фонда является Совет Фонда "Лизонька"; (в заседаниях Совета Фонда с правом совещательного голоса могут принимать участие члены Попечительского совета, спонсоры, волонтеры Фонда, представители государственных, муниципальных органов и других общественных организаций... - любые заинтересованные лица);
- Высший исполнительный орган — Директорт Фонда;
- В административном подчинении Директору могут находиться заместители Директора Фонда.
